생명과학 실험의 기본 중의 기본, 바로 단백질 정량(Protein Quantification)입니다. 샘플에 단백질이 얼마나 들어있는지 정확히 알아야 다음 실험(Western Blot, ELISA 등)을 차질 없이 진행할 수 있죠.
오늘은 가장 대중적으로 쓰이는 대표적인 단백질 정량 방법 3가지(BCA, Bradford, Lowry)의 원리와 장단점을 핵심만 콕 찝어 정리해 드립니다!
1. BCA Assay (Bicinchoninic Acid Assay)
현재 연구실에서 가장 선호되는 방법 중 하나입니다.
- 원리: 단백질이 구리 이온을 환원시켜 Cu+ 이온을 만들고, 이 Cu+이온이 BCA 시약과 결합하여 보라색 복합체를 형성합니다. (흡광도: 562 nm)
- 장점: 계면활성제(Detergent)의 영향을 거의 받지 않아 샘플 라이시스 버퍼(RIPA buffer 등)를 그대로 쓸 수 있습니다.
- 감도가 높고 단백질 종류에 따른 편차가 적어 안정적입니다.
- 단점: * 발색 반응을 위해 인큐베이션(37°C에서 약 30분) 시간이 필요해 결과가 나오기까지 시간이 조금 걸립니다.
- 환원제(DTT, 2-Mercaptoethanol 등)가 버퍼에 있으면 방해를 받습니다.
2. Bradford Assay
빠르고 간편해서 널리 쓰이는 Coomassie Dye 기반의 정량법입니다.
- 원리: 산성 조건에서 Coomassie Brilliant Blue G-250 염약이 단백질(특히 염기성 및 방향족 아미노산)과 결합하면서 색상이 갈색(붉은빛)에서 청색으로 변합니다. (흡광도: 595 nm)
- 장점:
- 정말 빠릅니다. 시약 섞고 상온에서 몇 분만 두면 바로 측정 가능합니다.
- 환원제의 영향을 받지 않습니다.
- 단점:
- 계면활성제(Detergent)에 매우 취약합니다. (버퍼에 Triton X-100이나 SDS가 있으면 정량이 불가능하거나 왜곡됨)
- 단백질 종류(아미노산 조성)에 따라 감도 차이가 커서, BSA 표준 물질과 차이가 날 수 있습니다.
3. Lowry Assay (Folin-Ciocalteu Assay)
고전적이지만 오랜 기간 표준으로 자리 잡았던 신뢰도 높은 방법입니다.
- 원리: Biuret 반응(구리 이온 환원)과 Folin-Ciocalteu 시약의 환원 반응이 동시에 일어납니다. 단백질 내의 타이로신(Tyrosine)과 트립토판(Tryptophan) 잔기가 시약을 환원시켜 짙은 푸른색을 띱니다. (흡광도: 750 nm)
- 장점:
- 감도가 매우 높고 넓은 범위의 단백질 농도를 측정할 수 있습니다.
- 역사가 깊은 만큼 수많은 논문에서 검증된 정밀한 방법입니다.
- 단점:
- 실험 단계가 비교적 복잡하고 시간이 오래 걸립니다.
- 계면활성제, 환원제, 탄수화물 등 방해 물질이 너무 많아서 최근에는 단점을 보완한 BCA Assay로 많이 대체되는 추세입니다.
한눈에 보는 단백질 정량법 비교
| 비교 항목 | BCA Assay | Bradford Assay | Lowry Assay |
| 주요 원리 | 구리 이온 환원 + BCA 결합 | Coomassie Dye 결합 | 구리 환원 + Folin 시약 환원 |
| 측정 흡광도 | 562 nm (보라색) | 595 nm (파란색) | 750 nm (푸른색) |
| 소요 시간 | 보통 (약 30분~40분) | 매우 빠름 (수분 이내) | 느림 (약 40분 이상) |
| 계면활성제 영향 | 영향 없음 (강함) | 영향 많이 받음 (약함) | 영향 받음 |
| 환원제 영향 | 영향 받음 (약함) | 영향 없음 (강함) | 영향 많이 받음 |
| 추천 상황 | 샘플에 계면활성제가 섞여있을 때 | 빠르고 간단하게 확인하고 싶을 때 | 정밀하고 전통적인 방법이 필요할 때 |